مرحله ی دوم المپیاد درون مدرسه ای (دبستان قدس) شامل 55 سوال چهارگزینه ای می باشد که از دروس: قرآن و هدیه های آسمانی 10 سوال، فارسی 10 سوال، مطالعات 10 سوال، ریاضی 10 سوال، علوم 10 سوال و استعداد تحلیلی 5 سوال می باشد.